As primeiras informações sobre a origem do município estão vinculadas a uma antiga pousada de boiadeiros, localizada em uma estrada construída em 1912, que ligava Araçatuba a Porto Independência, nas margens do rio Paraná.
No entanto, seu núcleo original começou a se formar, efetivamente, em 1943, época em que o fazendeiro Modesto Junqueira fez uma doação de terras para a formação do patrimônio. No ano seguinte, iniciou-se a construção da estrada que o ligaria à Andradina.
Todos esses fatos, somados ao cultivo de gêneros agrícolas variados, principalmente milho, arroz, banana e fumo, estimularam pouco a pouco o desenvolvimento da região. Em 24 de dezembro de 1948, o povoado de Nova Independência foi elevado a distrito do município de Andradina, tornando-se sede de município em 28 de fevereiro de 1964.